Seiring dengan perkembangan perguruan tinggi yang maju, Program Pascasarjana menjadi suatu kebutuhan yang mendasar. Melalui Program Pascasarjana (PPs) kegiatan penelitian dan pengembangan ilmu akan bertumpu. Untuk itulah pemantapan kelembagaan dan manajemen Program Pascasarjana perlu memperoleh perhatian secukupnya dari perguruan tinggi bila ingin mewujudkan harapan tersebut.Program Pendidikan Magister Teknik di ITS sudah dimulai sejak tahun 1990/1991 melalui program Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) yang bekerja sama dengan ITB. Kemudian pendidikan Pascasarjana mandiri dilakukan oleh ITS sejak tahun 1993 untuk keempat program studi di bawah melalui SK Dirjen DIKTI No. 107 s/d 110/DIKTI/Kep/1993.
• Teknik Sipil • Teknik Mesin
• Teknik Elektro
• Teknik Kimia
Program Magister LINK "Marine Technology" dilakukan pada tahun ajaran 1992/1993, yang merupakan kerjasama antara ITS - BPPT - University of Newcastle ( England ). Kemudian program PhD LINK dilakukan untuk program studi yang sama pada tahun ajaran 1996/1997. Program LINK lain yang dilaksanakan di ITS adalah untuk program studi Teknik Informatika, yang merupakan kerjasama ITS - BPPT - University of Newcastle dan dimulai pada tahun ajaran 1997/1998.
Setelah memperoleh SK Dirjen DIKTI No. 55/DIKTI/Kep/1996, 22 s/d 23/DIKTI/Kep/1997, program pendidikan lain yang dilakukan di ITS adalah:
• Manajemen Teknologi
• Teknologi Kelautan
• Arsitektur
• Teknik Industri
• Teknik Informatika
Sejak tahun ajaran 1999/2000 didirikan dua program studi lagi, yaitu :
• Teknik Lingkungan
• Statistika
Mulai tahun ajaran 2001/2002 Program Pascasarjana ITS juga membuka program studi baru yaitu:
• Fisika
• Teknologi Kelautan (S-3)
• Teknik Sipil (S-3)
• Teknik Kimia (S-3)
• Arsitektur (S-3)
Mulai tahun 2004 dibuka program studi baru yaitu:
• Kimia
Sedangkan program studi yang paling baru dibentuk tahun 2006 adalah:
• Teknik Elektro (S-3)
